Во Флоссенбюрге заключены под стражу люди из многих европейских стран. С мая 1938 по май 1944 года СС и гестапо привозят сюда в общей сложности 22.000 мужчин. В последний год войны к ним добавляются 78.000 пленных, среди них 16.000 женщин. Более половины заключённых – польского или советского происхождения. Более 22.700 еврейских узников родом из Польши или Венгрии.
Отправка гражданских рабочих из сборного пункта Борисов (сейчас Барисау/Белоруссия) 27 марта 1944 (военный архив Фрайбурга)
Первые узники – немцы и австрийцы из концентрационных лагерей Дахау, Бухенвальд и Заксенхаузен. Начиная с 1940 года службы СС направляют во Флоссенбюрг гражданских иностранных рабочих и военнопленных. СС угоняют поляков, русских, белорусов, украинцев и словаков с оккупированных территорий.
Через другие концентрационные лагеря во Флоссенбюрг попадают выходцы из Франции и стран Бенилюкса, из Италии, Югославии и Греции. Только в последний год войны регистрируют более трёх четвертей узников. Вследствие подавления Варшавского восстания и эвакуации концентрационных лагерей Плашов, Аушвиц и Гросс-Розен во Флоссенбюрг прибывают тысячи поляков и польских евреев. Всего за несколько дней до ликвидации лагеря из КЦ Бухенвальд с маршами смерти поступают многие тысячи узников.