Флоссенбюрг превращается в рабочий посёлок. Одновременно он становится загородным местом, привлекающим экскурсантов. После перехода власти к национал-социалистам гранит и средневековая крепость стали для Флоссенбюрга главными факторами, влияющими на выбор места для размещения производства.

Работа каменотёса определяет культуру и самосознание жителей посёлка и накладывает отпечаток на социальные отношения.

Экскурсанты посещают Флоссенбюрг ради руин средневековой крепости. Также приезжает большое количество националистических и народных групп, которые стилизуют приграничную руину под боевую крепость против «славянских народов».

С принятием национал-социалистических строительных программ потребность в граните значительно возрастает. Переход власти к национал-социалистам в равной степени приветствуется как владельцами каменоломен, так и рабочими.

СС собираются также извлекать экономическую выгоду из работы узников. Пленные должны эксплуатироваться на принадлежащих СС экономических предприятиях по производству строительных материалов. С этой целью СС создают новые лагеря и направляют в них всё больше людей.

В 1936/37 начато строительство новых концлагерей. Возникают лагеря Заксенхаузен и Бухенвальд. При выборе новых мест расположения лагерей всё большую роль играют экономические интересы СС. Флоссенбюрг интересен СС из-за большого месторождения гранита.

Решение о размещении нового лагеря принимается в марте 1938. В конце апреля прибывают первые охранники СС. 3 мая на строительную площадку доставляется первая партия из 100 узников КЦ Дахау. К концу года в лагере уже находится 1.500 узников.

Два года с возведения центрального здания лагеря. Предприятие СС Немецкие Земляные Сооружения и Каменоломни (DESt) активно эксплуатирует пленных на добыче гранита. Со времени основания лагеря умерло уже более 300 узников.

Первые узники лагеря – немцы. Они – жертвы мероприятий по аресту так называемых «уголовников» и «антиобщественных элементов».

В конце 1938 к ним добавляются первые политические узники. С началом войны Флоссенбюрг превращается в КЦ для людей из всех оккупированных стран Европы. В 1940 году зарегистрирован первый еврейский узник.

К этому времени по существу закончен первый этап строительства лагеря, вошла в строй каменоломня. В лагере находится более 2.600 узников, смертность возрастает. Для уничтожения трупов СС отдают распоряжение о строительстве лагерного крематория.

СС устанавливают в лагере порядок террора и насилия. Они пытаются обратить себе на пользу политические , национальные, социальные и культурные противоречия между узниками.

С 1938 по 1945 годы в КЦ Флоссенбюрг и его филиалах находятся около 84.000 мужчин и 16.000 женщин из более 30 стран.

Каждый пленный должен носить одежду узника, на которую прикреплен номер и цветной треугольник (винкель).

Условия жизни узников в ходе войны резко ухудшаются. Возрастает количество несчастных случаев, заболевших и умерших. Шансы на выживание узника всё больше определяются его работоспособностью. Большие партии узников прибывают во Флоссенбюрг начиная с конца 1943 года. Основной лагерь переполнен. Многих узников отправляют в дочерние лагеря. Главный вопрос для большинства узников: «Как я переживу следующий день?»

Рабочий день на каменном карьере продолжается двенадцать часов, прерывается лишь короткой паузой, во время которой выдаётся жидкий суп. СС принуждают узников часами ходить по кругу, таская камни.

Лишь немногие выдерживают эти штрафные задания. По окончанию работы узники должны нести умерших в лагерь.

Каменный карьер КЦ – самое большое предприятие Флоссенбюрга: в середине 1939 года там ежедневно работает 850 узников КЦ, к 1942 году их количество возрастает почти до 2.000. До 60-ти гражданских служащих, работников администрации, каменотёсов, водителей и учеников заняты в DESt. Многие из них регулярно контактируют с узниками.

Рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер превращает СС в сложную организацию. Её задачи простираются от политики расселения до «подавления врага» и «систематического уничтожения представителей так называемых неполноценных рас». Кроме того, СС располагают собственными экономическими предприятиями.

Части «Мёртвая голова» подразделяются в концентрационном лагере на управление комендатуры и батальоны охраны. Во главе лагеря стоит комендант. Вместе с подчинёнными ему отделениями он распоряжается судьбой узников.

Части СС ответственны за охрану пленных.

В штабе комендатуры КЦ Флоссенбюрг работают около 90 эсэсовцев. Охранные части к весне 1940 года достигают численности в 300 человек. К 1945 году с расширением филиалов она возрастает до 2.500 мужчин и 500 женщин. С началом войны многих более молодых служащих СС переводят на фронт. Руководство СС принимает на службу в концлагерях только мужчин более старшего возраста, солдат Люфтваффе, представителей других национальностей и женщин.

После войны большинство эсэсовцев КЦ Флоссенбюрг получили за свои преступления лишь незначительные штрафы.

С 1940 года региональные предпрятия, учереждения и частные лица подают заявки на узников в комендатуру Флоссенбюрга. В течение ограниченного времени узники под наблюдением охраны проводят сельскохозяйственные и ремесленные работы.

С 1942 года немецкое руководство ориентируется на длительную войну. СС основывают в феврале 1942 года главное экономическое управление (WVHA). Эта центральная инстанция должна обеспечить использование узников только в военной промышленности. Многие фирмы перемещают производство в концентрационный лагерь. В 1943году Флоссенбюрг становится местом производства вооружений. На территории каменоломни узники производят части и монтируют истребитель Ме 109.

К концу войны на Мессершмитт работают 5.000 узников. Работа каменоломни почти остановлена.

Узники КЦ к этому времени – последний доступный резерв для военной промышленности. Из-за постоянного переполнения обстановка в лагере всё время ухудшается. В конце 1943 года в лагере более 3.300 узников, год спустя их уже более 8.000. 28 февраля 1945 года во Флоссенбюрге интернировано 14.824 человек.

Вследствие эвакуации концлагерей Аушвица, Гросс-Розена и Плашова впервые с 1942 года во Флоссенбюрг пригоняют тысячи еврейских узников. После подавления Варшавского восстания к ним добавляются более 3.000 поляков.

Вновь прибывших во Флоссенбюрг направляют в карантинные бараки. В каждом из таких бараков находятся до 1.500 человек. Те, кто распределён в одну из рабочих команд, должны работать на фирмуМессершмитт во Флоссенбюрге или в одном из вновь созданных внешних лагерей. Неработоспособных СС отправляют в смертные бараки 22 и 23. С зимы 1944 года болезни, голод и изнурение приводят к быстро растущим цифрам смертности. Ни в один из периодов не умирает больше узников, чем в последний год войны.

23 апреля американская армия достигает КЦ Флоссенбюрг. Она застаёт в лагере 1.500 больных. Большинство пленных к этому моменту совершают марш смерти. Последние из них освобождаются союзными войсками только 8 мая.

Вместе с тысячами узников оставленных незадолго до этого лагерей Гросс-Розен и Бухенвальд СС пригоняют во Флоссенбюрг также «особых узников». Некоторых из них уничтожают целенаправленно, среди них священник Дитрих Бонхоффер.

Прежде чем оставить лагерь, СС заметают следы убийства. С середины апреля они «эвакуируют» более 40.000 пленных из основного лагеря и многих филиалов в южном направлении. Путём длящихся целыми днями беспорядочных пеших переходов и перевозок в открытых товарных вагонах СС пытаются избежать захвата узников союзниками. Некоторые охранники убивают целые группы пленных. Другие скрываются. В бесчисленных населённых пунктах остаются трупы. Многие узники умирают от истощения и болезней уже после освобождения.