We Flossenbürgu więzieni są ludzie z wielu europejskich krajów. Od maja 1938 r. do maja 1944 r. SS i Gestapo wydają nakaz deportacji do Flossenbürga 22000 mężczyzn. W ostatnim roku wojny dociera tutaj dodatkowo78000 więźniów, w tym 16000 kobiet. Ponad połowa więźniów pochodzi z Polski lub ze Związku Radzieckiego. Ponad 22700 żydowskich więźniów pochodzi z Polski lub Węgier.
Transport pracowników cywilnych z obozu zbiorczego w Borisowie (dzisiejszy Barysau/Białoruś), 27. marzec 1945 (Bundesarchiv Freiburg)
Pierwsi więźniowie to Niemcy lub Austriacy z obozów w Dachau, Buchenwald i Sachsenhausen. Od 1940 r. jednostki Gestapo osadzają w obozie zagranicznych robotników przymusowych i jeńców wojennych we Flossenbürgu. SS deportuje z okupowanych terenów Polaków, Rosjan, Białorusinów, Ukraińców i Słowenów.
Z innych obozów koncentracyjnych deportuje się do Flossenbürga ludzi z Francji, z krajów Beneluxu, z Włoch, Jugosławii i Grecji. Przeszło 3/4 więźniów rejestruje się w ostatnim roku wojny. Na skutek zdławienia Powstania Warszawskiego i likwidacji obozów koncentracyjnych w Płaszowie, Auschwitz i Groß-Rosen przybywają do Flossenbürga tysiące Polaków i polskich Żydów. Na krótko przed ewakuacją obozu docierają do Flossenbürga dodatkowo tysiące więźniów w marszach śmierci z obozu Buchenwald.