Cittadini di molti paesi europei furono internati a Flossenbürg. Dal maggio 1938 al maggio 1944 la SS e la Gestapo autorizzarono la deportazione di 22.000 uomini al campo. Altri 78.000 prigionieri, tra cui 16.000 donne, arrivarono nell'ultimo anno della guerra. Oltre la metà dei detenuti erano della Polonia e dell'Unione Sovietica. I deportati ebrei, oltre 22.700, provenivano soprattutto dalla Polonia e dall’Ungheria.
Trasporto di lavoratori civili in partenza dal campo di transito di Borisow (oggi Barysau / Bielorussia) il 27 marzo 1944 (Archivi federali Friburgo)
I primi internati erano tedeschi e austriaci provenienti dai campi di concentramento di Dachau, Buchenwald e Sachsenhausen. A partire dal 1940, la Gestapo trasferì lavoratori forzati stranieri e prigionieri di guerra a Flossenbürg. La SS deportò polacchi, russi, bielorussi, ucraini e sloveni provenienti dai territori occupati.
Uomini e donne di Francia, Olanda, Belgio, Lussemburgo, Italia, Jugoslavia e Grecia arrivarono a Flossenbürg attraverso altri campi di concentramento. Più di tre quarti dei prigionieri furono registrati nel corso dell’ultimo anno di guerra. Dopo che la rivolta di Varsavia fu sconfitta e i campi di concentramento di Plaszow, Auschwitz e Gross-Rosen furono evacuati, arrivarono migliaia di polacchi ed ebrei polacchi. Diverse migliaia di prigionieri dal campo di concentramento di Buchenwald giunsero con le marce della morte a Flossenbürg solo pochi giorni prima della dissoluzione del campo.