Allo stesso tempo, il luogo fu scoperto come meta di vacanza. Dopo la salita al potere del nazionalsocialismo, i depositi di granito e la rocca diventarono fattori di sviluppo decisivi del sito.

L'industria della cava segnò le relazioni sociali nel villaggio e influenzò la cultura e l'immagine che gli abitanti avevano di sé.

Gli escursionisti si recavano a Flossenbürg per visitare le rovine della rocca medioevale. La regione di confine attirò sempre più gruppi nazionalisti e völkische (nazional-razzisti). Essi fecero delle rovine il baluardo della resistenza contro i "popoli slavi".

Il programma di costruzione dello stato nazionalsocialista creò un boom della domanda di granito. Di conseguenza, i proprietari di cave e i lavoratori videro con favore l’avvento al potere del nazionalsocialismo.

La SS volle anche trarre un profitto economico dallo sfruttamento della manodopera concentrazionaria. I detenuti vengono sistematicamente sfruttati nelle imprese economiche appartenendo alla SS per la produzione di materiale da costruzione. A questo scopo le SS crearono nuovi campi e vi deportarono un numero sempre più grande di persone.

La costruzione di nuovi campi iniziò nel 1936-37 con la fondazione di Sachsenhausen e Buchenwald. Gli interessi economici della SS giocavano un ruolo sempre più determinante nella scelta dei nuovi siti. Quello di Flossenbürg si rivelò interessante per i suoi importanti depositi di granito.

La decisione a favore del nuovo sito fu presa nel marzo 1938. Le prime guardie SS raggiunsero il campo alla fine di aprile. Il primo trasporto composto da 100 deportati provenienti da Dachau arrivò al cantiere il 3 maggio. Entro la fine del 1938, il campo contava già 1.500 prigionieri.

Due anni dopo la creazione del campo, i principali edifici erano stati tutti completati. Una società SS, la Deutsche Erd- und Steinwerke (DESt, azienda tedesca per i lavori di sterro e in pietra), sfruttò senza scrupoli i prigionieri per l’estrazione del granito. Oltre 300 detenuti erano già morti dalla fondazione del campo.

I primi internati furono tedeschi, vittime di arresti contro i cosiddetti "criminali" e "asociali".

Alla fine del 1938, entrarono i primi prigionieri politici. Dopo l'inizio della guerra, Flossenbürg diventò un campo di concentramento per persone deportate da tutta l'Europa occupata. Il primo ebreo fu registrato nel 1940.

A quest’epoca la prima fase di costruzione del campo era stata completata e la cava era in piena attività. Il lager ospitava oltre 2.600 prigionieri e il tasso di mortalità cominciava a salire. Per sbarazzarsi dei cadaveri, la SS ordinò la costruzione di un forno crematorio nel campo.

La SS instaurò un sistema di violenza e di terrore nel campo e tentò di sfruttare a suo vantaggio le differenze politiche, nazionali, sociali e culturali tra i prigionieri.

Tra il 1938 e il 1945 circa 84.000 uomini e 16.000 donne provenienti da più di trenta paesi furono internati nel campo di Flossenbürg e nei suoi sottocampi.

Tutti gli immatricolati furono costretti a indossare divise da prigionieri recanti un numero e un triangolo colorato di stoffa.

Le condizioni di vita peggiorarono drasticamente nel corso della guerra. Ci fu un aumento costante del numero di incidenti, malattie e decessi. Le possibilità di sopravvivenza di un deportato furono sempre più determinate dalla sua capacità di lavorare. Alla fine del 1943, grandi trasporti cominciarono ad arrivare a Flossenbürg, creando sovraffollamento nel campo principale. Numerosi prigionieri furono successivamente trasferiti nei sottocampi. Per la maggior parte dei deportati, diventava decisiva la domanda: "Come farò a sopravvivere un altro giorno?"

Una giornata di lavoro nella cava durava dodici ore, interrotto solo da una breve pausa quando si serviva una magra zuppa. La SS infliggeva punizioni ai prigionieri, nel Kommando di disciplina, li obbligava a marciare in tondo portando pietre per ore.

Pochi prigionieri sopravvissero a questa punizione. Alla fine della giornata di lavoro, i prigionieri riportavano i corpi dei morti al campo.

La cava era la più grande impresa economica in Flossenbürg. Alla metà del 1939 circa 850 detenuti vi lavoravano quotidianamente; col 1942 il numero era salito a quasi 2.000. La DESt impiegava fino a 60 civili, tra impiegati dell’amministrazione, tagliatori in pietra, macchinisti e apprendisti. Molti di loro avevano contatti regolari con i deportati.

Heinrich Himmler, Reichsführer (capo supremo SS), farà della SS una organizzazione complessa. I suoi compiti andavano dalla politica di insediamento alla “lotta contro gli avversari", all’assassinio sistematico di persone appartenenti alle cosiddette "razze inferiori". Inoltre, la SS possedeva proprie imprese economiche.

Nel campo di concentramento, le divisioni Testa di Morto erano organizzate nello stato maggiore della Kommandantur e nella Wachsturmbann (unità SS di sorveglianza). Ogni campo era guidato da un comandante. Egli, con le sezioni ai suoi ordini, determinava la sorte dei prigionieri.

Il personale della SS era responsabile della custodia degli internati.

Circa novanta membri della SS lavoravano nello staff di comando a Flossenbürg. Nella primavera del 1940, le unità di guardia raggiunsero un effettivo di circa 300 uomini. Nel 1945, con la costruzione dei sottocampi, le squadre di sorveglianza aumenteranno fino a circa 2.500 uomini e 500 donne. Dopo l'inizio della guerra, molti membri giovani della SS furono inviati al fronte. Per rimpiazzarli nel campo il comandante SS ricorse a uomini anziani, a soldati delle forze aeree, a donne e a cittadini di altre nazioni.

Dopo la guerra, la maggioranza dei membri della SS non saranno condannati che a pene minime per i crimini commessi a Flossenbürg.

A partire dal 1940, imprese regionali, agenzie amministrative e privati richiesero alla Kommandantur di Flossenbürg i prigionieri. Questi svolsero lavoro agricolo e lavoro manuale sotto scorta per periodi limitati.

Nel 1942 il comando tedesco cominciò a prepararsi a una guerra prolungata. Nel febbraio, la SS istituì l'Ufficio Centrale dell’Economia e dell’Amministrazione (WVHA). Questo ufficio centralizzato aveva il compito di garantire che prigionieri fossero assegnati solo per l'industria bellica. Molte aziende trasferirono la produzione nei campi di concentramento. Nel 1943 Flossenbürg divenne così un sito per la produzione di armamenti. Nel terreno della cava i deportati lavoravano alla produzione e all’assemblaggio del caccia Me 109.

Entro la fine della guerra, più di 5.000 prigionieri lavoravano per la Messerschmitt. Le operazioni alla cava erano in gran parte sospese.

I detenuti dei campi di concentramento, a partire da questo momento, furono la sola riserva di lavoro disponibile per l'industria bellica. Le condizioni nel campo continuarono a deteriorarsi a causa del sovraffollamento permanente. Alla fine del 1943, oltre 3.300 prigionieri si trovavano a Flossenbürg; un anno dopo, il numero superava già le 8.000. Il 28 febbraio 1945, il campo conteneva 14.824 persone.

A causa della evacuazione dei campi di concentramento di Auschwitz, Gross-Rosen e Plaszow, migliaia di prigionieri ebrei furono deportati a Flossenbürg per la prima volta dal 1942. Altri 3.000 polacchi arrivarono dopo che la rivolta di Varsavia era stata schiacciata.

I nuovi arrivati a Flossenbürg furono confinati nei blocchi di quarantena. Ognuna di queste baracche ospitava fino a 1.500 prigionieri. Coloro che furono assegnati a un Kommando di lavoro furono impiegati alla Messerschmitt a Flossenbürg oppure in uno dei numerosi sottocampi appena aperti. La SS trasferiva tutti gli inabili al lavoro alle baracche della morte 22 e 23. Durante l'inverno del 1944, le malattie, la fame e la stanchezza provocarono un rapido aumento del tasso di mortalità. Nell'ultimo anno di guerra, morirono più detenuti che in qualsiasi altra fase.

Il 23 aprile, l'esercito degli Stati Uniti raggiunse il campo di concentramento di Flossenbürg, dove trovò 1.500 detenuti in condizioni critiche. La maggior parte dei prigionieri era partito con le marce della morte. Gli ultimi partecipanti alle marce furono finalmente liberati dalle truppe alleate solo l’8 maggio.

Oltre alle migliaia di deportati che erano stati appena evacuati dai campi di Gross-Rosen e Buchenwald, la SS trasferì "prigionieri speciali" a Flossenbürg. Alcuni di loro, tra cui il pastore Dietrich Bonhoeffer, furono assassinati in modo mirato.

Prima che la SS evacuasse il campo, cancellò le tracce dei suoi crimini. A partire da metà aprile, la SS "evacuò" oltre 40.000 prigionieri dal campo principale e dai numerosi sottocampi verso sud. Con marce a piedi caotiche durate per molti giorni e trasporti in vagoni merci aperti, la SS tentò di sottrarre i prigionieri agli alleati in avvicinamento. Alcune guardie uccisero interi gruppi di prigionieri. Altre disertano. Nelle aree di numerosi villaggi, i morti furono abbandonati. Molti deportati morirono di sfinimento e malattia anche dopo la liberazione.