Flossenbürg se transforme alors en village d’ouvriers. Dans le même temps, le site est découvert comme but d’excursion. Après la prise du pouvoir par les nationaux-socialistes, le granit et le château-fort sont des facteurs d’essor capitaux pour Flossenbürg.

Le travail des tailleurs de pierre marque les rapports sociaux du village et détermine la culture et l’image que les habitants se font d’eux-mêmes.

Les promeneurs se rendent à Flossenbürg pour visiter les ruines du château-fort médiéval. Celles-ci attirent également de plus en plus de groupes nationalistes et völkisch (nationalistes-racistes). Ils font des ruines, proches de la frontière, le symbole d’un rempart contre les « peuples slaves ».

Grâce aux programmes de construction de l’État national-socialiste, la demande en granit augmente de façon considérable. C’est la raison pour laquelle la prise du pouvoir par les nationaux-socialistes est saluée autant par les propriétaires de carrières que par les ouvriers-carriers.

La SS veut également tirer un profit économique de la main-d'oeuvre concentrationnaire. Les prisonniers seront désormais exploités dans des entreprises de la SS au service de la production de matériaux de construction. À cet effet, celle-ci crée de nouveaux camps et multiplie les transferts de détenus.

En 1936-1937 commence la construction de nouveaux camps de concentration. Les camps de Sachsenhausen et de Buchenwald sont érigés. Les intérêts économiques de la SS jouent un rôle de plus en plus déterminant dans le choix de nouveaux emplacements. Celui de Flossenbürg s’avère intéressant pour elle en raison de ses importants gisements de granit.

La décision en faveur du nouvel emplacement est prise en mars 1938. Les premières sentinelles SS rejoignent le camp à la fin du mois d’avril. Le premier convoi, composé de 100 détenus en provenance du camp de concentration de Dachau, arrive sur le chantier le 3 mai. À la fin de l’année, le camp comptabilise déjà 1 500 prisonniers.

Deux ans après la création du camp, la construction des bâtiments principaux est achevée. Une entreprise de la SS, la Deutsche Erd- und Steinwerke (DESt – entreprise allemande de la terre et de la pierre), exploite sans scrupules les prisonniers pour extraire le granit. Depuis la création du camp, 300 détenus sont déjà décédés.

Les premiers détenus du camp sont des Allemands. Ils sont victimes des arrestations menées contre les soi-​disant « criminels » et « asociaux ».

Fin 1938, les premiers prisonniers politiques les rejoignent. Après le début de la guerre, Flossenbürg devient un camp de concentration pour des personnes déportées de tous les pays occupés d’Europe. En 1940, le premier détenu juif est enregistré.

À cette époque, la première phase de construction du camp est pratiquement achevée, la carrière est en activité. Plus de 2 600 prisonniers se trouvent dans le camp, le taux de mortalité augmente. Pour se débarrasser des cadavres, les SS font ériger un crématoire dans le camp.

Les SS établissent un ordre basé sur la terreur et la violence. Ils tentent d’utiliser à leur avantage les antagonismes politiques, nationaux, sociaux et culturels qui règnent entre les prisonniers.

Environ 84 000 hommes et 16 000 femmes, originaires de plus de 30 pays, sont internés dans le camp de concentration de Flossenbürg et ses camps extérieurs entre 1938 et 1945.

Chaque détenu doit porter un uniforme de prisonnier, pourvu d’un numéro et d’un triangle d’étoffe de couleur.

Les conditions de vie se détériorent au cours de la guerre de façon draconienne. Le nombre des malades et des morts augmente sans cesse. Les chances de survie d’un détenu sont de plus en plus déterminées par sa capacité à effectuer un travail. À partir de la fin de l’année 1943, d’importants convois arrivent à Flossenbürg. Le camp principal est surpeuplé. De nombreux prisonniers sont transportés dans des camps satellites. Pour la plupart des détenus, la question déterminante est : « Comment vais-je arriver à survivre demain? »

Une journée de travail à la carrière dure douze heures, uniquement interrompue par une courte pause, au cours de laquelle une maigre soupe est servie. Les SS infligent des punitions aux prisonniers, les forçant, dans un « kommando disciplinaire », à marcher en rond en portant des pierres des heures durant.

Peu de déportés y survivront. Après le travail, les prisonniers doivent ramener les morts au camp.

La carrière du camp de concentration est la plus importante entreprise économique de Flossenbürg. Au milieu de l’année 1939, environ 850 détenus du camp y travaillent; jusqu’en 1942, leur nombre passe à presque 2 000. Jusqu’à 60 employés civils, employés de l’administration, tailleurs de pierre, conducteurs et apprentis travaillent pour la DESt. Nombre d’entre eux ont des contacts réguliers avec les prisonniers.

Le Reichsführer (chef suprême de la SS) Heinrich Himmler fera de la SS une organisation complexe. Ses tâches vont de la politique de colonisation au « combat contre les adversaires » et l’assassinat systématique des personnes qui appartiennent aux races dites « inférieures ». La SS possède de surcroît ses propres entreprises économiques.

Dans un camp de concentration, les divisions SS Têtes de mort sont réparties entre l’état-major de la Kommandantur et les Wachsturmbann (unités SS de troupes de garde). À la tête du camp se tient le Kommandant. Avec les sections qui sont sous ses ordres, il décide du sort des prisonniers.

Les troupes SS sont responsables de la surveillance des prisonniers.

Environ 90 membres de la SS travaillent à l’état-major de la Kommandantur du camp de concentration de Flossenbürg. Les équipes de sentinelles atteignent jusqu’au printemps 1940 un effectif d’environ 300 hommes. Celui-ci augmentera avec l’extension des camps extérieurs jusqu’à environ 2 500 hommes et 500 femmes en 1945. Après le début de la guerre, de nombreux jeunes SS sont mutés au front. Dès lors, pour les remplacer dans les camps de concentration, le commandement de la SS recourt à des hommes âgés, à des soldats de la Luftwaffe, des ressortissants d’autres nations et des femmes.

Après la guerre, la plupart des SS qui étaient en service à Flossenbürg ne seront condamnés qu’à des peines minimes pour les crimes qu’ils y ont commis.

Depuis 1940, entreprises régionales, bureaux administratifs et personnes privées sollicitent la kommandantur de Flossenbürg pour pouvoir « louer » des prisonniers. Ceux-ci exécutent sous surveillance des travaux agricoles ou manuels durant une période limitée.

À partir de 1942, le commandement allemand se prépare à mener une guerre longue. La SS fonde en février 1942 un office central de l’économie et de l’administration (Wirtschafts-Verwaltungshauptamt – WVHA). Cet office est chargé de garantir que les détenus ne soient plus employés que dans l’industrie d’armement. De nombreuses firmes transfèrent leur production sur le site des camps de concentration. En 1943, Flossenbürg se consacre également à la production d’armement. Dans la carrière, les prisonniers doivent produire des pièces du chasseur Me 109 et les monter.

À la fin de la guerre, plus de 5 000 prisonniers travaillent pour Messerschmitt. L’exploitation de la carrière est alors pratiquement suspendue.

Les détenus des camps sont à ce moment-là la seule réserve en main-d’oeuvre disponible pour l’industrie d’armement. En raison du surpeuplement permanent, les conditions dans le camp se détériorent sans cesse. Fin 1943, plus de 3 300 prisonniers se trouvent internés, un an plus tard, leur nombre est déjà passé à plus de 8 000. Le 28 février 1945, 14 824 personnes sont enfermées à Flossenbürg.

À la suite de l’évacuation des camps de concentration d’Auschwitz, Groß-Rosen et Plaszow, des milliers de prisonniers juifs sont déportés à Flossenbürg, pour la première fois depuis 1942. Après l’écrasement de l’insurrection de Varsovie, 3 000 Polonais les rejoignent.

À Flossenbürg, les nouveaux arrivants sont envoyés dans les blocks de quarantaine. Dans ces baraquements s’entassent plus de 1 500 détenus. Ceux qui sont assignés à un kommando de travail doivent travailler pour Messerschmitt à Flossenbürg, ou bien dans l’un des nombreux camps extérieurs nouvellement érigés. Ceux qui ne sont pas ou plus en mesure de travailler, les SS les repoussent dans deux mouroirs, les baraques 22 et 23. Maladies, faim et épuisement font rapidement grimper le nombre des morts à partir de l’hiver 1944. À aucune autre période ne meurent autant de prisonniers qu’au cours de la dernière année de la guerre.

Le 23 avril, l’armée américaine atteint le camp de concentration de Flossenbürg. Elle y trouve 1 500 personnes gravement malades. À ce moment-là, la plupart des prisonniers ont été envoyés dans l’une des marches de la mort. Les derniers d’entre eux seront libérés par les troupes alliées le 8 mai seulement.

Outre des milliers de prisonniers des camps de Groß-Rosen et de Buchenwald évacués peu avant, les SS transfèrent aussi des « prisonniers spéciaux » à Flossenbürg. Certains d’entre eux y sont assassinés de façon ciblée, parmi eux figure également Dietrich Bonhoeffer.

Avant que les SS n’évacuent le camp, ils effacent les traces de leurs crimes. À partir de la mi-avril, ils font « évacuer » plus de 40 000 prisonniers du camp principal et de nombreux camps extérieurs vers le sud. Des jours durant, par des marches à pied et des transports en wagons de marchandises chaotiques, les SS essayent de soustraire les détenus aux Alliés. Certaines des sentinelles assassinent des groupes entiers de prisonniers, d’autres désertent. Dans d’innombrables villages, des cadavres sont abandonnés. De nombreux prisonniers meurent encore après la libération, d’épuisement et de maladie.