Kritická konfrontace s historií koncentračního táboru Flossenbürg a jejích následků je jedním z hlavních úkolů Památníku koncentračního táboru Flossenbürg. Za tímto účelem nabízí vzdělávací oddělení řadu tématicky a metodicky sladěných vzdělávacích modulů. Lze je kombinovat v různých formátech a sahají od dvou až tříhodinových prohlídek přes půldenní nebo celodenní semináře až po vícedenní pobyty. Všechny akce jsou provázeny a moderovány zaměstnanci vzdělávacího oddělení.