Ve Flossenbürgu byli vězněni lidé z mnoha evropských zemí. V období od května 1938 do května 1944 sem příslušníci SS a gestapa dopraví celkem 22.000 mužů. V posledním válečném roce k nim přibude dalších 78.000 osob, z toho 16.000 žen. Více než polovina vězněných je polského nebo sovětského původu. Přes 22.700 židovských vězňů pochází převážně z Polska a Maďarska.
Prvními vězni jsou Němci a Rakušané, které sem přeložili z koncentračních táborů Dachau, Buchenwald a Sachsenhausen. Počínaje rokem 1940 posílají do Flossenbürgu úřadovny gestapa zahraniční nuceně nasazené a valečné zajatce. Příslušníci SS sem z obsazených území dopravují Poláky, Rusy, Bělorusy, Ukrajince a Slovince.
Přes jiné koncentrační tábory se do Flossenbürgu dostávají občané Francie a států Beneluxu, Itálie, Jugoslávie a Řecka. Dobré tři čtrtiny vězňů jsou registrovány teprve v posledním roce války. Po porážce varšavského povstání a vyklizení koncentračních táborů Plaszow, Osvětim a Groß-Rosen přicházejí do Flossenbürgu tisíce Poláků a polských Židů. Ještě několik dní před likvidací tábora dorazí v pochodu smrti několik tisíc vězňů z koncentračního tábora Buchenwald.